A Ilha de Santa Fé foi formada por correntes de lava que foram extrudidas sob o mar e mais tarde foram erguidas (embora provas recentes sugiram actividade subaérea subsequente). A ilha de 24 km quadrados é atravessada por uma série de penhascos paralelos formados por actividade de falha. Esta ilha tem lavas de 3,9 milhões de anos de idade, tornando-a a mais antiga ilha datada com sucesso no arquipélago.

Santa Fe oferece uma das mais belas e abrigadas enseadas das ilhas. A sua lagoa turquesa é protegida por uma península de ilhotas minúsculas, formando um ancoradouro ideal. A ilha situa-se a sudeste de Santa Cruz, à vista de Puerto Ayora. Geologicamente é uma das ilhas mais antigas do arquipélago e durante muitos anos foi considerada como sendo o produto de um evento de elevação. Através de imagens de satélite tem sido possível determinar as origens vulcânicas da ilha.

Um desembarque húmido numa praia de areia branca coloca os visitantes em contacto com uma das muitas colónias de leões marinhos. Os machos lutam pelo direito de ser o Mestre da Praia, enquanto os machos mais pequenos mascaram como fêmeas para fazer movimentos de acasalamento furtivos. Os falcões das Galápagos são muitas vezes facilmente abordados, empoleirados em arbustos salgados, e um trilho ascendente leva em direcção às falésias, onde uma densa mata se ergue para o lado interior. O lado do penhasco proporciona uma vista expansiva do oceano. Os gigantescos cactos de figo da Índia aqui encontrados vivem até ao seu nome, com troncos do tamanho de árvores! Por baixo dos cactos, alguns são subespécies endémicas da ilha, as espécies endémicas de iguana terrestre podem ser encontradas à espera na sombra que flores ou frutos caiam e se tornem uma deliciosa parte da sua dieta.